Bon pour finir je m'en suis sorti en suivant ce post : https://forum.recalbox.com/topic/11228/nespi-fan-control-2-problèmes-résolus-en-même-temps/7

du coup tout fonctionne correctement, la LED est en place, l'Atari héberge mon raspberry et fait tourner recalbox..
Au top ! 🙂